20世纪90年代初，相对于其他中心城区，普陀区城市面貌较为落后，大批国有企业特别是区属工业企业，遇到经营上的困难，财政收入水平处在非常靠后的位置。90年代中期，普陀区人民政府（简称区政府）努力贯彻“抓机遇、打基础、兴功能、树形象”十二字方针，推行多项经济体制改革措施，建设长寿、长征等地区和中山北路物贸一条街，城区面貌初步改善，经济实力明显增强。
90年代后期，随着经济的发展，区政府转变发展思路，着力解决可持续发展问题、发展不均衡问题和环境问题，发展步伐进一步加快，同时确保社会稳定。大力发展房地产业、都市工业，开发建设大市场、大卖场和西北综合物流园区，区域经济实现从老工业区经济向三大支柱产业（房地产业、都市工业、商业）的转型。招商引资工作成为一切工作的重中之重。中共十五大召开以后，非公经济得到长足发展，成为区域经济重要组成部分。同时，道路等市政设施建设力度进一步加大，注重绿化和景观道路建设，基本解决了苏州河、中小河道和桃浦地区的污染问题。开展为民实事工程项目建设和精神文明创建工作。扶贫帮困工作纳入“一口上下”的轨道，人民调解和信访工作得到加强。贯彻执行《中华人民共和国行政诉讼法》等行政法规，对有关规范性文件进行清理和梳理。
经过13年的发展，普陀区综合实力显著提高，区级财政收入达到中心城区前列水平。2003年，区政府明确了新（现代服务业、现代物流业、科技产业）老（房地产、都市工业、商业）三大支柱产业共同发展的思路，力争把普陀区建设成为与上海国际性大都市相匹配的中等发展城区。
第一节 区政府领导成员
1990～2003年，历任区人民政府共4届，分别于1990年4月、1993年4月、1998年3月和2003年3月，由普陀区第十、十一、十二和十三届人民代表大会选举产生。先后有4人任区长（其中3人先任代区长）,16人任副区长（其中2人后任代区长和区长）。
第二节 区政府机构
1991年初，区人民政府设办公室（与法制办公室合署）、人事局（与编委办合署）、区民政局、司法局、监察局、档案局、物价局、审计局、劳动局、民族宗教事务局、文化局、教育局、卫生局、计划生育委员会、体育运动委员会、侨务办公室、外事办公室、台湾事务办公室、集体事业管理局、工商行政管理局、粮食局、财贸办公室（与商业委员会筹委会合署）、计划经济委员会、科学技术委员会、建设委员会、市政管理委员会、规划和土地管理局、房产管理局、环境保护局、环境卫生管理局、建设管理局、人民防空办公室、公安分局、税务分局。另外，还有街道经济管理办公室，但未列入政府工作机构序列。同年4月，民族宗教事务局、台湾事务办公室、侨务办公室、外事办公室合署（1993年6月，台湾事务办公室、侨务办公室、民族宗教事务局合署；2001年12月，民族宗教事务局改为民族宗教事务办公室；2002年2月，民族宗教事务办公室、台湾事务办公室、侨务办公室与区委统战部合署）。同年7月，区财政局与区税务局分设，单独建制。
1992年4月，区成立对外经济委员会，机构单列。是年6月，成立区工业总公司，区集体事业管理局作为区政府序列，保留牌子（1997年2月撤销区集体事业管理局，区集管局原职能转入区工业总公司）。同年8月，建立区国有资产管理局，与区财政局合署（1996年2月，撤销区国有资产管理局，正式建立区国有资产管理办公室，与区财政局脱钩，机构单列）。同年10月，成立区农业办公室（2002年2月，根据机构改革要求，区政府批准区农业办公室牌子增挂在区政府办公室）。同年12月，成立普陀区城市综合开发办公室（1996年12月改制为区住宅发展局，为区政府直属自收自支全民事业单位）。
1993年3月，区监察局与区纪委合署，实行一套工作机构、两个机关名称的体制，并将监察局改为监察委员会。是年8月，建立区建设委员会，与建设管理局合署。同年9月，区人民政府政策研究室与区政府办公室合署。
1994年9月，建立上海市普陀区国家税务局，与上海市税务局普陀分局合署（2001年2月，上海市税务局普陀分局更名为上海市地方税务局普陀分局）。1995年10月，区委、区政府信访办公室正式成立，与区政府办公室合署。同年12月，成立上海市国家安全局普陀分局。
1996年9月，正式设立区委保密委员会办公室，归口上海市国家安全局普陀分局（2002年5月，增挂区国家保密局的牌子）。
1997年2月，撤销区计划经济委员会，建立区计划委员会，与区统计局合署，归口管理区经济体制改革办公室、区政府经济协作办公室、区旅游事业管理办公室，增挂区技术监督局牌子（2002年2月，更名为区发展计划委员会，与区统计局合署，增挂区物价局、区政府经济体制改革办公室、区信息化办公室牌子）。同年3月，撤销区财政贸易办公室，建立区商业委员会，增挂区粮食局牌子（2001年10月，增挂区旅游事业管理办公室牌子）。
1998年4月，成立区招商领导小组，与区经济协作办公室实行两个机构一套班子运转（2002年1月，协作办从区计划委员会划出单列，保留招商领导小组办公室）。
1999年10月，区成立质量技术监督局，行政直属上海市质量技术监督局领导。同年3月，区工商行政管理局更名为上海市工商行政管理局普陀分局，归市工商行政管理局垂直领导。
2001年5月，区成立城市管理监察大队。是年7月，成立上海市药品监督管理局普陀分局。同年12月，区劳动局更名为劳动和社会保障局（2002年3月，增挂区安全生产监察局牌子），计划生育委员会改设为人口和计划生育委员会。同月，区成立市容管理局，撤销区环境卫生管理局和市政管理委员会办公室。
2002年2月，区成立机关事务管理局。是年4月，区体育运动委员会改为区体育局。同年10月，根据市委、市政府批复《普陀区机构改革方案》实施机构改革后，区政府设26个机构。其中，区发展计划委员会（与区统计局合署，增挂区物价局牌子）、区经济委员会、区商业委员会（与区旅游局合署，增挂区粮食局牌子）、区对外经济委员会、区建设和管理委员会、区科学技术委员会（增挂区知识产权局、区地震办牌子）、区人口和计划生育委员会、市公安局普陀分局、区司法局、区人事局（与区编委办合署）、区劳动和社会保障局（增挂区安全生产监察局牌子）、区民政局（增挂区社团局牌子）、区财政局、区审计局、区教育局、区卫生局（增挂区医保办牌子）、区文化局等为区政府组成部门；区人民政府办公室（与政策研究室、法制办、外事办、信访办合署，增挂地区办、农办、机关事务管理局牌子）、区体育局、区市容管理局、区环境保护局、区城市规划管理局、区房屋土地管理局、区国有资产管理办公室（增挂集体资产管理办公室牌子）、区民防办公室、区协作办公室为区政府直属机构。
2003年9月，原在区发展计划委员会增挂牌子的区信息化办公室从区发展计划委员会划出，被列为区政府直属机构，并更名为区信息化委员会。
