1991年，普陀区成立区医院制剂品种审批小组，对自制药品进行化验检测，对外购药品进行抽查，确保药品质量。1992~1993年，基本规范药品采购渠道。1994~1999年，重点开展药品质量大检查和销售药品回扣专项治理，全区药品质量状况总体好转，遏制药品回扣现象。2000年，推行医药分流改革，执行医药分别管理、分开核销政策。2001年，启动医疗机构药品集中采购工作。
2001年10月，上海市药品监督管理局普陀分局（简称区药监分局）成立，工作人员13名，内设办公室、业务科、稽查科。新组建的药品监督管理分局实行条线管理，属市药品监督管理局的派出机构，在承接原卫生局药政管理职能的基础上，行使药品、医疗器械的科研、生产、流通、使用环节的全程监控和一体化日常监管职能。
第一节 药品经营企业质量管理
区药监分局成立后即将许可证管理纳入部门职能，依据国家强制认证的《药品经营企业质量管理规范》（简称GSP)，指导和帮助全区所有药品经营企业按照国家要求进行质量管理。
2002年10月，发动区内4家药品连锁经营企业，在全区范围内倡议发起争当优秀店长、服务明星活动。12月，共评选出5名优秀店长和10名服务明星，并在《新普陀报》上刊登事迹；全区共102家药店全都完成规范药店的创建，为GSP认证达标奠定基础。
2003年1月起，区药监分局，开展法规培训15场次，现场讲解、上门指导118次，帮促企业按照GSP认证要求规范企业的硬件建设、内部管理和经营行为。5月，在总结组建以来行政许可工作经验的基础上，区药监分局组织专业人员编写《普陀药监分局行政行为手册》，对包括行政许可、行政检查、行政处罚在内的各项具体行政行为进行了统一和规范。对于许可程序，依照法律的规定从严控制各个环节的期限，推行“一次告知”，减少相对人的往返。
是年10月，区内首家“经济药房”——上海平民大药房提出开办申请后，区药监分局迅速开辟“绿色通道”5次赴现场培训技术骨干、指导建章立制、帮助查找薄弱环节。对照GSP认证条款对药品进货验收、储存养护环节逐一“号脉”，重点剖析，解难释疑。上海平民大药房一开出来就成为普陀区药品市场的一个亮点。经过GSP认证工作的开展，全区102家药品零售企业全部通过了GSP认证。是年底，共办理药品经营企业开办申请98家，医疗器械经营企业开办申请156家，药品经营企业变更登记245家，医疗器械经营企业变更登记248家。
第二节 日常监督
2001年10月，区药监分局成立初，为全面掌握区域药品监督管理的实际，将药监工作重点放在调查摸底上。根据全区药品市场的发展状况，把3镇6街道划成三大块，确定专人、落实责任，分块调查和收集药品市场的动态信息。对全区8家药品批发企业，102家药品零售企业，124家医疗器械经营企业，18家医疗机构药房，22家私人诊所，84家工厂保健站，120家学校医务室，10家农村卫生室共八类488家使用药品和医疗器械的情况进行了普遍调查和摸底，至年底基本做到了“五清楚”，即单位地址清楚、经营范围清楚、进货渠道清楚、硬件设施清楚、管理制度清楚。
2002年3月，在摸清底数的基础上，先后下发对一次性医疗器械、工厂保健站、农村卫生室、学校医务站、医疗机构药房安全用药用械的监管意见和监管措施。其中，区药监分局的《关于一次性植入类医疗器械的监管意见》在全国范围内开了先河，受到国家药监总局的高度重视，中央电视台新闻联播、《人民日报》均作报道。4月，以普遍调查的数据和资料为蓝本建立全区医药企业资信档案。在此基础上，加强日常监管、跟踪问效。经过不间断地动态监管、综合考评，逐步建立和健全一套能够全面反应企业全面情况和诚信记录的档案资料。走出一条动态监管、淡化年检的新路子，得到市局的充分肯定，并在全市推广。
从2002年开始，区药监分局对全区488家涉及药品、医疗器械的生产、经营和使用的单位采取交叉分类管理、重点监管、针对性抽样相结合的方式实施动态监控。根据企业规模、生产经营情况、不良记录等，将区内八类涉及药品、医疗器械的生产、经营和使用单位各划分为A、B、C、D四个等级，其中A级14家，B级366家，C级104家，D级4家实施分类管理。监管频率分别为A级一年一次，B级半年一次，C级一季度一次，D级每月一次。年终时结合年检进行一次综合打分，重新确定等级，为次年的监管提供依据。对一次性植入类产品、精神药品、“抗非”药品及医疗器械、抗菌素等采取重点监管。
同时，市政府拨出大量资金用于药品、医疗器械的质量抽验。至2003年，区药监分局完成药品、医疗器械及药品包装材料抽验840件。抽验出82件不合格产品，占总数的9.8%，此项工作在全市名列前茅。在2003年抗击“非典”过程中，区药监分局对医用口罩、消毒剂、防护服、呼吸机及“防非”中药等实施重点一体化监控，确保质量安全。
第三节 行政执法
反应机制 2003年4月，区药监分局建立投诉举报处理快速反应机制，即受理举
报首问负责，现场取证不过夜，立案到发出处罚告知5个工作日完成，及时向举报人回复案件的查处情况。2003年，防治“非典”期间，区药监分局启动群众举报快速反应机制，一个月内办结5起群众举报案件。2003年，“五一”长假期间，有市民举报在区内某药店购买配制的抗“非典”中药，食用后出现呕吐、腹泻症状，区药监分局稽查人员旋即赶赴现场，检查发现是该店擅自调配中药处方剂量失误。稽查人员当即通知其上级公司领导到场，该公司领导了解情况后主动停业整顿、召回已销售产品，并派员上门为举报人检查治疗，退款慰问并赔礼道歉。
集中整治 2002~2003年，先后开展“腊梅行动”(2002年2月）、“精神药品”(2002年7月）、“体外诊断试剂”(2002年12月）、“生晒人参”(2003年10月）、“一次性无菌及植入类医疗器械”(2003年12月）、“放心工程”等系列专项整治。累计专项整治检查25次，出动1500余人次，检查单位600余家，检查药品、医疗器械3000多种；对检查出有问题的572个药品品种，6310批次不符合有关规定的药品进行集中没收和销毁。
查处假劣药品 2002年起，区药监分局与区公安、工商、质监等执法部门密切配合，在区城乡结合部先后查处和取缔无证销售、非法加工制售药品的窝点25个，查处销售假劣药品案件248件，涉及案值近500万元，没收违法所得125万元，罚款180多万元。区药监分局先后2次在区环保局指定的假劣产品销毁点共销毁假劣药品10吨，价值198.30万元。