1991~2003年，普陀区贯彻落实新税制，探索“查、征、管”三分离的征管模式，构筑新的征管机制，健全协税护税网络建设，加强对重点税源、重点行业、重点税种管理和监控，加大税务稽查力度，规范和整顿税收秩序，完善税收信息技术网络，全面推进各项税收工作的开展。
第一节 开征税种
1991~1993年，征收的税种主要有：增值税、产品税、营业税、城建税、工商统一税、集体企业所得税、私营企业所得税、城乡个体工商业户所得税、个人所得税、个人收入调节税、车船使用税、印花税、固定资产投资方向调节税、房产税、屠宰税、土地使用税、国营企业工资调节税、国营企业奖金税、事业单位奖金税、集体企业奖金税、国营企业所得税、外商投资企业和外国企业所得税。1994年起取消工商统一税、城乡个体工商业户所得税、国营企业工资调节税、国营企业奖金税、事业单位奖金税、集体企业奖金税、产品税，新增消费税、土地增值税。1999年起停征屠宰税，2001年起停征固定资产投资方向调节税。2002年起新增储蓄利息个人所得税。
第二节 “查、征、管”改革
1992年起，区进行税制改革试点，积极探索“查、征、管”三分离的征管模式。1994年，为贯彻新税制，确立“继承传统、积极稳妥、循序渐进、科学规范”的原则，推行纳税人自行申报制度，加强增值税专用发票管理，强化税务稽查，纳税申报率和纳税质量不断提高。1995年，进一步强化税收征管工作，着力推进专业化、规范化建设，先后成立发票科、征收所和计算机应用小组，初步实现查账和征收职能重组，健全和完善税务登记、发票管理、申报征收、税收稽核、法制检查等五大基础系列，构筑新的征管机制。1996年，取消专管员制度，集中受理纳税申报，实现由专管员上门收税向纳税人主动申报征收方式的重大转变。设立稽查税务所，专职对纳税人纳税情况进行稽查，基本实现“查、征、管”三分离。1997年，征管改革的重心转移到抓规范、抓完善上。通过调整业务科所职责，进一步强化稽查部门的职能，规范稽查工作制度。1998年，在前几年征管改革的基础上，针对纳税服务有所弱化的问题，新建第八、第九税务所，集中办理纳税人的涉税事项，重新明确各征收部门职能，强化对征收期内的税收监控。调整稽查系列，重新划分管辖范围，区的管理与服务职能进一步加强。1999年，调整市场征管工作思路，通过委托代征的办法规范市场税收征收模式。2000年起，进一步深化征管改革，理顺机构设置，加强税收管理，强化服务职能，尤其细化了对税源大户管理的职责与服务标准，各管理所对大户实行专人联系，对中、小户实行按行业、按“大口”的管理，工作职责进一步落实，税收服务进一步规范。
第三节 税务登记、纳税申报
一、税务登记
1991年初，全区税务登记户为7653家，其中国有企业432家，集体企业2376家，联营企业81家，私营企业49家，外资企业26家，个体经济4267户，其他企业422家。1992年10月，长征税务所和桃浦税务所划归区税务局后，户管也相应划人。1992年底，税务登记户为11237家，其中国有企业1216家，集体企业4729家，联营企业123家，私营企业96家，外资企业81家，个体经济4842户，其他企业150家。其间，随着区域经济的发展，税务登记户不断增加，到1998年底，税务登记户为17624家，比1990年增长68%。1999年7月，对部分从事经营的企事业单位和个体工商户换发税务登记证，以摸清税源，夯实征管基础。到2003年底，全区税务登记户为18995家，其中国有企业810家，集体企业2006家，联营企业131家，股份合作企业365家，有限责任公司2817家，股份有限公司28家，私营企业8772家，外资企业339家，港澳台投资企业152家，个体经济3252户，其他企业323家。
二、纳税申报
1992年，在第二税务所开展电脑开具税收缴款书试点，取得良好成效。1996年，以征管改革为契机，对纳税申报进行改革，改变由各所分散受理纳税申报方式，由征收所集中受理纳税申报，均衡每日申报户数，保证纳税人按期前来申报；实行申报资料专袋制，由专管员上门收税转为纳税人主动缴税。
1992年上半年，开始推行电子申报工作，并取得试点成功。之后，积极推广电子申报工作，至2002年底，1016家企业实现税收电子申报；2003年底，1514家企业实现税收电子申报。电子申报工作的推广，促进征管数据的电子化管理，完善网络申报缴库方式，提高工作效率，缓解申报大厅的工作压力，极大地方便纳税人。
第四节 重点税源监控
1991~1994年，采取座谈会、上门辅导等方式向国有大中型企业等宣讲税收政策，抓好重点税源的管理。1995年，建立重大税源变化即报制度，对税收政策、征管关系变化引起的较大的税源变化情况及时上报区政府备案，调查年税收50万元以上税源大户征管关系迁出普陀区的原因，查处50万元以上的偷逃税大案，实行一户一案书面专报区政府领导的措施。1996年，继续加强重点税源的日常征管工作，认真做好税源外移预警报告，并积极采取措施，有效稳固税源大户。1997起，区税务工作认真贯彻重点税源管理的有关制度，实现税收总量的持续稳定增长。2000年，修订征管办法，重点管理年税收50万元以上税源大户，年税收20万元以上的企业列为所级重点税源户，对税源大户的工作做到组织落实、制度落实和管理落实；税收政策辅导及时到位、解决企业提出问题及时到位、办理企业涉税事项及时到位、业务指导及时到位。组织建立重点税源目标管理责任制，着重考核组织收入的量化指标及管理质量；建立健全重点税源信息库，切实加强税源监控，及时掌握税源变化。2001年，先后出台房产开发企业和商业企业重点税源管理指导意见。2002年，建立健全重点税源信息库，制订实施《区局重点税源管理考核办法》，稳固税基，涵养税源，促进重点税源增长。2003年，对年税收20万元以上的大户实行报盘读盘制度和重点税源静动态资料分析制度，扩大监控范围，增强监控实效。
1994年，年税收50万元以上大户161家，占税收总量比重31%；1998年，税源大户增加到368家，税收比重提高到53.20% ；2003年，年税收50万元以上大户897家，实现税收28.96亿元，占税收总量75.32%，其中年税收50万元~100万元的企业381家，税收共计2.64亿元，占税收总量的6. 86%；年税收100万元~500万元的企业398家，实现税收共计8.07亿元，占税收总量的21%；年税收500万元~1000万元的企业58家，实现税收共计3.89亿元，占税收总量的10.12%；年税收1000万元以上的企业60家，实现税收共计14.36亿元，占税收总量的37.34%。
第五节 税收稽查
一、税收大检查
1992~1997年，每年组织税收大检查，采取自查与重点检查相结合的方式，自查率100%，累计查补税款1亿多元。1992年，共检查1350家，查补税款146万元。1995，1996两年，在选户上注意点面结合，并试行选案、检查、审理、执行相分离的工作规程，实行两人一档主协办制，两年分别查补税款2130万元、2556万元。1997年，税收大检查创查补税款历史新高，共检查953家，查补税款2817万元，清欠人库823.28万元，进一步严肃税收法纪。
二、专项检查
1995年，加强增值税专用发票的检查，违章处罚4882家，罚款171.63万元。1997年，对“房、车、地”三税、个人所得税、固定资产投资方向调节税和印花税开展专项检查。1998年，结合征管薄弱环节稽查和清理漏征漏管户，全年共查补税款1.20余亿元，稽查税款首次突破亿元。2001年，对部分餐饮行业、房产行业进行专项检查，以查促管，规范企业纳税行为。同时，组织对律师、房产等高收入者、高收入行业进行专项检查，查补税款817万元。2002年，抓好重点行业、重点税种的稽查，对建筑业、服务业、增值税税负低且购票量大的企业，以及年税收20万元以上且两年未查的企业进行稽查，及时堵塞征管漏洞，共查补税款8125万元。2003年，组织开展各类专项检查，查补各类税款、滞纳金及罚款1056万元，有力地打击税收违法违纪现象，规范税收秩序。
三、辅导性查账
1999年，试行从稽查性查账向调研性（审计型）查账转移，对市场、餐饮、房产开展调研性（审计型）查账，以寻找征管薄弱环节，提高稽查质量。2000年起，对重点税源企业采取辅导性查账方式，由税务管理员深入企业，对企业的会计核算、财务管理提出建议和意见，帮助企业规范纳税行为，提高管理水平。2002年，进一步明确实现以稽查为主向稽查和管理并重转变的工作思路，积极发挥以查促管，以查促收作用。组织对年税收20万元以上的1328家重点税源大户开展辅导性检查。2003年，进一步扩大辅导性查账检查面，辅导查账297家，税款人库1692万元。
四、执行税法
1996年，区税务局成立专门的税务法制机构——法制科，使税务司法监督和执法检查走上专业化、规范化轨道。随着《中华人民共和国行政处罚法》的颁布实施，税务机关实施行政处罚受到更广泛的监督和制约，由此，区税务局加大税收法制建设的力度，开展执法检查，组织税务行政处罚听证会，受理税务行政复议，参加税务应诉，在加强执法监督、保障纳税人合法权益方面迈出重要一步。1997年4月14日，应甘肃省驻沪办事处所属甘肃饭店就第一税务所对其拟作出的行政处罚提出的听证要求，区税务局在全市税务系统中举办首例税务听证会。2000年，完善税务行政司法制度，坚持依法行政，切实维护执法的公正和纳税人的正当权益，发放听证告知书35份，作出变更建议2件，有错必究，依法处理。2001年，完善落实重大税务案件审理制度，成立审理委员会，对查补50万元以上的重大税务案件进行集体审理，全年受理24件，审理22件，涉税金额8862万元。同时，进一步加强内部执法监督，组织对执法检查稽查结论的抽查复查，对各部门执法情况按季进行内部检查，对带有普遍性、倾向性的问题，及时评析，提高依法征税、公正执法的水平。
1997年起，贯彻国家税务总局《关于开展1997年税收执法检查的通知》精神，开展税收执法检查，增加税务行政执法的透明度。2000年，规范和加强税收执法及税务监督，建立对重点税务案件会审、典型案例评比、稽查事后监督等两级复查、税务建议书等制度，健全稽查质量考核机制，规范稽查工作程序。2001年，逐步建立内部三级复审制度，即科与所之间、稽查所与管理所之间、稽查所与稽查所之间的抽查复查制度和交叉稽查复核制度，促进依法治税，规范税务人员执法行为。2002年，巩固内部基础管理，建立内部复审制度，实行交叉检查，重点检查执法程序、文书制作、处理依据是否规范、准确，促进依法行政。同时，建立重大疑难案件查处和稽查典型案例的书面报告评优制度，推动稽查工作开展。2003年，深化执法检查的三级复审制度，组织所内复查和所际复查，发现问题及时处理。
第六节 票据管理
1994年，新税制实施后，严格增值税一般纳税人资格认定，将制度健全、财务核算规范的年销售额180万元以上的商业企业、年销售额30万元以上的工业企业认定为增值税一般纳税人。1995年，区税务局成立发票管理科，专职从事各类发票的发售、管理、审批和稽核、增票认证、防伪税控系统推广等工作。1999年，建立健全增值税专用发票管理制度，在一般纳税人资格认定上采取“初审制”和“复审制”，在发售专用发票上采取“限购制”和“验旧供新制”，并对一般纳税人发票管理员实行培训考核制，持证上岗。同时，开展对部分一般纳税人换用千元版专用发票工作，共有2650家一般纳税人换用千元版专用发票，占一般纳税人总户数的55%。2002年，归并全区发票发售点，发票窗口由原来的3个减少到1个，由区税务局发票窗口统一发售，减少工作环节，确保发票安全；推广上海市定额有奖专用发票，全市第一个5000元的大奖在区内产生。同年，原发票管理科更名为第九税务所。2003年，区税务局修订《发票管理规程》，制订《税收票证工作管理办法》和《税收会计基础信息管理办法》，对发票发售到缴销各环节实行规范管理。
第七节 涉外税收征管
1988年起，外资企业进入普陀区。1992年，区税务局设立对外税务所，专门从事区域内外资企业的税收征管、稽查。1991~2003年，区税务局不断加强对外资企业的税收征管，涉外税收收人连年增长，税收总量1991年192万元，1996年7073万元，2002年3.08亿元，2003年4.40亿元，13年增长228倍。
1999-2003年，针对外资企业利用国际转让定价进行避税开展反避税工作。2000年起，探索审核评税工作，规范外资企业税收征管秩序。2000年，对连年亏损的某广告公司采取“跟单”核查技术，分析数据，严密论证，查补税款380万元。2001年，通过收集、分析全区432家外资企业年度所得税纳税申报表，对异常申报、未申报及有纳税疑点的34家企业进行审核评税，共调整和核减亏损企业15家，补征税款79万元。
第八节 街道、镇协管税收机制
1989年，贯彻区政府《关于在宜川街道和真如镇试点共管个体税收的实施意见》，成立宜川、真如个体经济管理办公室。随后，其他街道、镇也相继建立个体经济管理站，全区初步形成税务、街道、镇联合办公，共管个体税收的协税护税体制。1999年1月，为加强对街道、镇分散、零星税源的征收管理，区政府转发《区税务局、区财政局关于进一步健全和完善普陀区街道、镇协管税收网络的具体实施意见》，健全协税护税网络建设，依靠社会各方力量共同治税。是年，全区15个街道、镇“协管办”正式挂牌，设立协税护税信箱，开启区税务局、税务所、“协税办”三级协税护税热线，对各街道、镇协税办工作进行考核评比，扩大协税护税的影响。2001年，推行税务助征员网格化管理，把街道、镇税收管辖区划分为若干网推行网格化管理，助征员变管户为管事，以网格为责任区，实施动态管理、催报催缴、组织零星税收，并实行税务助征员持证上岗制度。加强对协税护税计算机管理，开发街道、镇协税护税计算机软件，6000余户个体户全部纳入电脑开票，个体有证户申报率95%，个体无证固定户申报率85%。2002年，与街道、镇下属的市场管理部门签定《税费同收协议书》，委托市场管理部门代征税款，进一步明确协税护税职责。
第九节 重点税收征管
1999年起，区税务局出台一系列征管措施，加强房产业、餐饮业、市场等重点行业以及个人所得税、企业所得税、房产税、营业税等重点税种的征管力度。
一、重点行业、市场税收
房地产业 2000年起，对房地产业实行专职所管理。针对房地产企业成本费用、核算失实等情况，规范企业会计核算，完善费用的计算、分摊、列支等管理办法，确保计税依据真实可靠。2001年，针对部分房地产企业实际经营与上交税收不匹配情况，召开全区房地产企业税收征管工作会议，布置税收专项检查，查补税款8883万元。2002年，再次明确房产企业成本结转的节点、时限及要求，规范企业纳税行为。2003年，针对征管的薄弱环节，完善房地产开发企业税收征管要求，进一步有效控制企业纳税的时间节点，税收增长较快，全年实现税收9.92亿元，比上年增收2.41亿元，增长32.16%。
餐饮业 2000年，针对餐饮企业偷漏税现象，在全区统一实行剪式发票管理办法，取消企业自制菜单的新措施。2001年，对餐饮企业实行分类管理，对年税收在50万元以上的大户实行计算机税控系统和电脑版发票管理；对年税收50万元以下的中小餐饮企业全面推行核定月营业额的征收办法，促进餐饮行业征管质量的提高。2002年，在全区369家企业中推行有奖发票，并大幅调整定额，税收收入比上年上升50%。2003年，在推广有奖发票的同时，加强发票和定额的管理，对超出原定额的纳税人进行定额调整，确保应收尽收，全年税收收入5379.29万元，比上年增长33.71%。
市场 1999年起，贯彻“先大后小、先易后难、分类指导、逐步推进”的原则，规范市场税收征管模式，选择曹安路、铜川路市场先行开展委托代征、税费同收试点，并相继在电子、水产市场推行委托代征。在此基础上，逐步扩大推广面，在所有市场成立协税护税办公室，并按市场性质归类，对不同市场实行不同的征管办法，建立区税务局对税务所、税务所对市场的二级量化考核办法。2000年，将“委托代征”、“税费同收”扩大到消费品和农副产品市场，采取计算机分类管理措施，加强对漏征漏管户的税收监控，税收大幅增长。2002年，贯彻国税总局关于切实开展专项整治集贸市场的要求，对市场进行联合执法，清理长期“钉子户”200余户，追缴税款40余万元；全面调整定额，专业市场定额在原来基础上上浮10%~20%，有效增加税收应征数。2003年，进一步严格市场内进场个体经营户的税收征管，研制开发计算机市场税收征管系统，在年税收100万元以上的6个大型市场安装推行，促进市场个体代征税收较快增长，当年实现税收1.11亿元，增长26.33%，首次突破亿元。
二、重点税种
个人所得税 2000年起，针对个人所得税与普陀区人口、经济不相配比的状况，寻找征管突破口，调整税收政策，促使个人所得税应收尽收。专题召开全区事业单位动员大会，明确责任，落实计划，组织自查和专项检查，征收个人所得税1.57亿元，比上年增长72%。2001年，组织对律师、房产等高收入者、高收入行业进行专项检查，查补税款817万元。2002年，全面推行私营代征企业工资、薪金所得的个人所得税的按实计征，恢复私营代征企业的工资、薪金所得的个人所得税的征收，实行个人独资和个人合伙企业征收个人所得税的做法，并制订相关征收管理办法，建立个人所得税抵扣结算受理点，全年共征收个人所得税2.50亿元，比上年增长29%。2003年，提出加强征管的办法，组织召开“加强行政机关事业单位个人所得税征管工作”会议，进一步推动个人所得税的征管工作。全年共征得税款3.82亿元，比上年增长52.58%。
企业所得税 2002年起，所得税实行中央与地方共享。在企业所得税征管上，一方面认真做好对民福、劳服、帮帮服务中心、校办工厂的减免税政策的梳理，对不符合税收优惠条件的企业进行清理，对达不到减免标准的企业取消其税收优惠待遇，严格减免税审核，调整长征、桃浦私营企业的征收率，清理所得税带征户，增加所得税收入6700万元。另一方面，再次明确房产企业成本结转的节点、时限及要求，推行备案制度，将房产开发涉及的土地成本、前期费用和建设实际发生成本纳入管理范围，规范企业纳税行为，共补税3800余万元。2003年，全面清理带征户征收方式，工业园区外100家带征企业中有40家改为查账征收，工业园区内的企业中有21家工业企业、11家商业大户也调整征收方式，使税收征收管理模式进一步得到规范。
房产税 1991年，实现税收1425.88万元。1992~2001年，收入始终处于稳定增长态势，其中2001年7031万元。2002年，区税务局制订《关于进一步加强街道、镇协管税收征收工作意见》和《关于街道、镇“外口办”协助开展房屋租赁房产税代征工作的实施意见》，在全区范围内推广长寿街道私房税收征管的经验和做法，税收有较大增长，全年实现税收1亿元，比上年增长43.12%，是1991年的7倍。2003年，实现平稳增长，达1.01亿元。
营业税 自2000年起，营业税税源不断拓展。2002年，加强对销售空置房的免税管理，组织房产企业在2002年3月底前单独设立存量房的销售台账，进一步明确企业的申报期限和申报内容；自2002年5月1日起调整娱乐业税率；强化对区物业管理单位中公有住房租金和售后管理费的税收管理。结合市局关于2000年、2001年度公有住房租金和售后公房管理费收入免征营业税的要求，对所辖涉及企业进行清理和复核。全年实现税收10.64亿元，比上年增长62.56%。2003年，实现税收13.50亿元，比上年增长26. 82%。
第十节 信息化建设
一、网络建设
随着计算机信息技术在税收征管工作中的普及，区税务局于1995年成立计算机应用技术小组，负责计算机推广、应用、日常操作培训及局域网维护等工作。2000年，以新办公大楼搬迁为契机，加强计算机网络建设，制订和实施《新大楼计算机网络建设方案》、《新大楼计算机搬迁方案》和《计算机设备添置计划》等，对计算机进行更新配置，区税务局局域网络顺利建成。2001年，规划局域网页的布置和制作流程，并建立税收政策网页，方便点击和查询。2002年，进一步完善区税务局局域网站，开设政策法规、网上课堂、“普陀税务”等窗口，提高工作效率，基本实现人手一机，推进无纸化办公进程。
二、CTAIS征管系统
CTAIS系统是tax201税收征管系统的升级版本，它将税收管理从征收、管理环节拓展到稽查环节，税收征管各模块的衔接更为科学合理。2001年，区税务局先后搭建局域网和广域网，对机房进行重新布线，实现CTAIS征管硬件系统升级。随后，全面推广CTAIS征管软件，对270多万条信息进行清理录人，对全局250多名干部进行系统操作应用培训，对纳税人开展培训辅导，理顺内部操作流程，提高征管效率。2002年，深化CTAIS各模块的应用，建立和完善CTAIS征管系统中的信息库，包括税务登记信息库、稽查信息管理库、重点税源信息库，防止企业无序流动，强化稽查案源管理，完善重点税源动态信息库内容，健全税收基础信息档案。同时，改进完善个体税收征管软件，并推广到各市场，提高管理质量和工作效率。
三、金税工程
1994年，新税制实施后，针对虚开、代开增值税专用发票现象，国税总局在全国各地建立增值税专用发票计算机交叉稽核系统——“金税工程”。1996年，推行增值税专用发票的计算机管理，实现增值税专用发票发售系统、开具系统、监控系统和增值税报税系统联网。1999年起，将纳税人每月申报的进、销项发票类别码等6个项目数据全号输入“金税系统”，每月与申报信息进行比对，及时查找疑点，加强监控。2000年，积极推广金税防伪税控系统，制订实施意见和推广计划，并向纳税人做好宣传发动工作。2001年，加强对防伪税控系统发行、抵扣联认证、企业抄报税和防伪税控设备管理，建立工作制度，落实岗位职责，强化应用培训，提高操作能力。2002年，对新认定的增值税一般纳税人一律推行金税防伪税控系统，加大监控力度。2003年底，区内4000多家增值税一般纳税人企业全部纳入金税防伪税控系统。