区财政监督管理主要包括预算管理、预算外资金管理、政府采购管理、小企业信用贷款担保管理、会计事务管理和信息化建设等专项管理。
第一节 预算管理
1993年，区财政局提出关于改变现行行政、事业单位预算管理形式，行政机关按照职能和性质，分别划分成三类不同预算管理形式的单位，同时根据创收能力和收入来源确定经费包干形式。对各大口事业局实行总口径经费包干，同时鼓励有创收能力的事业局向自收自支管理形式转换，财政按节减拨款额的一定比例予以奖励及保留公费医疗待遇。对自收自支单位试行工资总额与经济效益、社会效益考核挂钩。
1997年，制订印发《普陀区街道财政管理办法》，明确在科学合理划分和界定区与街道事权范围的基础上，根据街道经济发展和社区建设需要相应匹配财力；同时明确街道财政管理结构应单设，设置相应岗位。同年，规范税收户管理行为，各税收责任单位不得以承诺优惠条件向已税收登记的企业拉揽税收户管理。对财政资金投入的基建项目及政府实施的基建项目，实行基建主管部门行政首长负责制。
1998年，针对区财力逐步下沉街道、镇，确定重点支出比例，确保当年财政返回资金的25%~30%用于辟绿护绿、安民帮困、再就业工程等社区建设，并将此项工作纳入区考核工作目标。
2000年，为规范财政性列收列支行为，避免经济秩序混乱，区建立专项发展资金，主要用于旧城改造、高科技项目、商业和市场、支持企业和促进教卫文体事业的发展。
制订《街道、镇奖金发放管理暂行办法》，使街道、镇与区政府机关奖金水平适当平衡，与街道、镇可支配财力相应平衡，与工作目标考核挂钩，坚持按劳分配、职级与业绩相结合分配原则。是年，首先在街道实行部门预算，在保证履行政府职能前提下，按照“科学性、合理性、统一性、完整性、平衡性”的预算编制要求，将所有收入纳入预算管理，坚持以收定支、量人为出、统筹兼顾、保证重点、专款专用、收支平衡的预算编制原则。
制订《专项资金使用管理办法》，规定年度预算内外资金需单独结报的资金纳入专项核算，单独申报，财政局初审，分管区长审批，事后实施审计，追踪问效。
2001年，按照“收支统管，核定收支，定额（定项）拨补，超支（欠收）自负，结余留用”的办法综合预算。要求各单位所有财政资金全额纳入预算管理，一个部门一本预算。各单位本着“适度从紧、勤俭节约、量入为出、自求平衡”的原则，按基本支出预算和项目支出预算，编制本单位部门预算。基本支出预算以定额为主编制，项目支出预算通过建立项目评审制度确定。
2002年，建立国库集中支付制度，从工资统一发放着手，先在教育、部分行政机关试点。2003年，逐步推广到全额预算管理单位，建立推行区行政事业单位“会计记账中心”模式，在桃浦镇、区教育局、各街道办事处等“大口”记账中心的基础上建立区政府会计记账中心，第一批47个行政机关及社会团体的各项收支纳入记账中心统一核算。为加强支出管理，控制福利性支出，制订《普陀区国家公务员奖金及各类补贴发放实施意见的通知》，规定各单位年度内发放奖金、福利统一标准，任何单位不得提高。
第二节 预算外资金管理
一、资金专户管理
普陀区的预算外资金专户储存建于1987年。1991年起，预算外资金的规模和数额逐年扩大。为加强对社会财力的综合平衡，提高资金使用效益，1993年2月，区政府作出《普陀区人民政府关于加强预算外资金管理的若干规定》，明确预算外资金的范围以及区财政部门专户储存、计划管理、财政审批、银行监督管理方式。在保证储存单位用款的前提下，财政部门可将专户储存资金的沉淀部分按有偿原则采取委托银行等形式给予贷款，以支持全区的事业发展和扶持搞活区属经济，增加财政收入。同时明确借款三项原则：小额、短期、效益的原则；各专户储存单位享有贷款优先原则；非专户储存单位需贷款的，必须具备法人资格和还款能力，并经主管部门担保，才能办理贷款手续的原则。预算外专户储存资金每年平均以30%的速度增长。1996年，预算外专户储存资金达5700万元，年平均融通资金2亿元，使有限的资金发挥较大效能，成为专业银行的补充。主要用于：促进商品流通企业再创税利新高；扶持民营科技企业朝着健康方向发展；支持长征、桃浦工业园区的前期开发；为缓解市场矛盾，解决“黑、白、绿”节日市场供应，组织货源，增加流动资金贷款。
二、收支两条线管理
根据国务院《关于加强预算外资金管理的决定》的精神，1997年11月1日起，对区属部分单位的预算外资金（主要是行政事业性收费、规费、房产特种资金兴办企业的所得税）先行一步实行收支两条线的管理。第一批列入管理的有法院、工商局、公安局、环保局、规土局、房产局、民政局、建委8个单位。为进一步规范全区行政事业单位预算外资金收支管理，1998年，在对全区行政事业单位的银行账户进行清理的基础上，规定每个单位只能分别开设预算外资金收入和预算外资金支出专户各一个，将预算外资金收支分离，核定周转金数额，加强预算外收入的收费票据管理，在区属单位全面推行预算外资金财政专户收支两条线管理，对教育部门实施委托管理。收支两条线的管理措施：从会计处理上进行规范；根据年度预算按不同情况分类返回；定期上缴报表；加强职能部门之间协调、沟通；加大检查、催缴工作力度。到2000年底，纳入收支两条线管理的有35个单位（包括主管部门），资金达1.80亿元。
2001年1月1日起，执行部分行政事业性（基金）收费纳入预算管理，有关部门所需的正常开支，按预算管理要求编制年度收支预算，涉及工商局、房产局、公安局、民政局、外经委5个单位。
第三节 会计事务管理
区财政局以《中华人民共和国会计法》的各项规定和各项会计法规、规章为依据，加强财会工作监管及会计从业人员管理，不断提高财会工作质量，积极探索企事业单位内部会计自控机制，通过强化会计管理和监督，推进依法理财。
会计工作考核 1998年，根据《上海市财政局关于加强会计管理，进一步规范会计工作秩序的通知》要求，制订普陀区《关于开展会计基础工作规范化考核的通知》，就开展会计基础工作规范化考核的范围、步骤、要求和形式作明确规定，将考核工作分为宣传发动、培训辅导、自查整改、考核验收、总结表彰五个阶段。针对前一年考核中各单位会计工作存在的普遍问题加以总结，定期召开各主管部门财务负责人会议，通报考核结果；组织系统间互查，针对问题进行整改；由财政和主管部门组成的考核小组定期对各主管部门的考核结果进行复查。针对存在问题，区财政采取边考核、边辅导、边整改的办法帮助企业建制堵漏，提高会计业务和管理水平。同时区财政加强内部基础资料管理，将考核情况、进度、考核结果输入电脑进行计算机管理。
贯彻《中华人民共和国会计法》 2001年6月，区财政根据财政部关于开展《中华人民共和国会计法》执行情况检查的通知要求，对全区《中华人民共和国会计法》执行情况进行重点检查。采取看、查、问、摘的办法，对查处的问题，做到有凭有据。重点检查57户单位，对检查中暴露的问题，要求被查单位限期整改。并进行跟踪回访，切实把整改工作落到实处。同时督促企业加强内部会计核算，规范会计核算行为，提高财务会计报告质量。全面落实《中华人民共和国会计法》，从提高会计人员素质、强化会计责任人手，建立健全内部财会管理制度和内部控制制度，不断提高企业管理水平；坚持“诚信为本，恪守为重，坚持准则，不做假账”十六字方针，从制度上确保财务会计信息的真实性、完整性和权威性，规范财务会计管理与核算。1998~2003年，对全区479家单位进行财务会计信用等级评定。
第四节 财政大检查
1991~1998年，每年进行财政大检查。成立以分管副区长为组长、8个部门主要负责人为成员的区大检查领导小组，不断充实区大检办税收分办工作班子的力量，落实工作和政策要求。每年召开全区财税、物价大检查动员大会，各主管部门开展自查整顿。财政、税务部门以提高自查表发表率和回收率、减少审核错漏率和提高补税率为中心，抓好审定进度，纳税进度，抓紧对重点检查人员的组织，配备检查人员，在工作中突出重点，明确政策，抓紧进度。
1994年，对商委系统130户国有企业进行清产核资，摸清企业资产“家底”。区财政局参与企业在机制转换过程中的租赁、拍卖、兼并、转让等涉及国有资产权益的活动，对200多户国有企业和企业化管理的事业单位进行资产产权登记，逐步规范资产评估申报、审核、确认等操作程序，使国有资产管理的基础工作逐步得到加强。
1997年、1998年，开展“房车地”三税专项检查，个人所得税、固定资产投资方向调节税和印花税的专项检查。1997年，查补个人所得税213万元，固定资产投资方向调节税575.80万元，对个体经营企业进行执法检查，在各街道的配合下，对全区80%的路段，投入200多人次，检查1897户纳税户，查出问题户712户，补罚税款63万元。同时，对全区的增值税进行稽查，查补税款237.45万元，罚款214.90万元。1998年，结合开展漏征漏管户工作，重点加强对建筑安装、房地产、物业管理、证券、餐饮服务业和税收下降幅度大的假民福、假校办企业的检查，以查促收，取得较好成效。全年稽查收入完成1.20亿元，比上年增长104%。
第五节 其他管理
一、政府采购管理
1999年8月，成立区政府采购领导小组，由分管副区长任组长，下设政府采购办公室，负责政府采购的日常管理工作，有针对性地实施政府采购的探索和实践，当年节减财政支出1430万元。2000年，进一步明确集中采购和财政直接支付的项目范围，逐步采用国库集中支付办法，降低政府行政成本。是年，拓展行政事业单位公务车辆定点维修服务，采用竞标方法确定中标单位，维修单位承诺时间优先、质量优良、服务优质和价格优惠，维修费一律以转账结算；同年9月，又将公务车辆纳入统一保险。2001年，实行预算、采购、拨款三分离，试点推行公务用车定点维修、加油、保险服务，一车一结算。全年政府采购金额1.14亿元，节减财政资金1049万元，资金效益逐年提高。2002年，进一步规范采购方式，抓住重大采购项目，扩大采购规模和覆盖面。全年采购497批次，同比增长113.30%；采购金额2.17亿元，同比增长74%；节约资金2915万元，节约率11.83%。2003年，筹建政府采购中心，实施采管分离，不断健全内部运作机制，规范招投标程序，当年政府采购金额突破3亿元，节约财政资金2700万元。政府采购范围从货物购进到购货、工程和服务三大领域。
二、小企业信用贷款担保管理
1999年起，普陀区实施小企业贷款信用担保。2000年，区政府《转发区财政局（关于本区中小企业和高新技术企业担保实施办法）的通知》，对于迅速扩展小企业信用担保业务、切实解决好小企业贷款难、担保难的问题，支持小企业蓬勃发展起到推动作用。1999~2003年，共推荐小企业贷款担保107项，贷款总额1.91亿元。在受贷企业中，私营企业占50.36%，科技型企业占34.41%。
三、信息化管理
1997年，区财政局在市局的统一安排下，运用先进的财政管理信息系统，使财政预算工作脱离烦琐复杂的手工操作，用电脑拨款、计账和编制报表，通过市局验收，提高财政收支的核算管理水平。
1999年，在全局范围内，进行办公自动化培训，在签报、办文、调研等工作中试行公文处理计算机化，使工作方式和工作质量有明显的提高。针对长征、桃浦两镇财政管理现状，在镇政府和镇财政所支持配合下，2000年起，开始实施两镇财政管理信息系统。使区镇两级财政管理运作上一个台阶。