1991~1993年，普陀区延续实行核定收支基数，递增包干上缴的管理体制。1994年，贯彻《国务院关于实行分税制财政管理体制的决定》，区按照市的要求，改革财政包干体制，实行分税制财政管理体制。同时，为适应国家财税政策调控及市对区财政体制的改变，区对街道、镇也实行多种财政包干体制。
第一节 体制改革
一、区财税体制改革
1991~1993年，普陀区延续实行1988年起市对区的“核定收支基数，递增包干上缴”的管理体制，即以1987年为基础，核定区的财政收入和财政支出基数，市核定普陀区财政体制上解基数为1.07亿元，每年按上年环比递增1%包干上缴市财政。1992年，由于长征、桃浦两镇的划入，上解基数调整为1.40亿元。
1991~1993年，三年“递增包干上缴”体制期间，区级财政收入共完成9.89亿元，年均增长31.09%，区级财政支出共完成6.21亿元，年均增长33.84%。
1994年1月，贯彻市政府对区县实行“分税制财政管理体制”，按照“两级政府、三级管理”、“事权与财权相统一”原则，划分税种（中央税、地方税、共享税），明确地方收支基数，即适合地方征管的税种，营业税（扣除铁路、银行、保险集中缴纳部分）、地方企业所得税、个人所得税等划为地方固定收入（地方税）；把与经济发展直接相关的主要税种划为共享税，增值税实行中央与地方“七五、二五”比例分成（共享税）。在分税制改革实施进程中，市对区的原财政体制和分配格局暂时不变，并以1993年为基期年。1994年后，市以税收返还方式，对1993年的既得财力予以补足，同时对部分收入的增量部分，采取财政转移支付的办法，参照区的人口、区域土地面积、上年末中小学生人数等相关因素进行再分配，并逐年完善，直至2003年。1994~2003年，10年分税制期间，区级财政收入共计122.07亿元，年均增长24.94%
二、街道、镇财税体制改革
1988~1991年，与街道按“定收定支，增收分成，超支不补，结余留用”的原则，以1986年街道所属企业的产品税、增值税、营业税、城建税、集体企业所得税为财政收入基数，增收部分分成比例在22.50%~28%之间。
1992 ~1993年，以1991年街道财政决算数为收支基数，以递增超收分成的形式，超过收入基数10%以下部分，按超收部分返还40%；超过收入基数10%~20%部分，按超收部分返还50%；超过收入基数20%~ 30%部分，按超收部分返还60%；超过收入基数30%~ 40%部分，按超收部分返还70%，超收40%以上部分全部返还。同时，还规定返还资金用于行政经费和里委经费后，结余资金用于发展街道生产周转不得低于30%。
1994年，中央实行分税制改革，区也相应改变原与街道财政包干体制，实行分税制财政管理体制。以1993年各街道税收完成数为街道的税收责任基数，按分税制口径分拆成中央固定收入、市级固定收入、区级固定收入三部分。1994~1995年，对超基数30%的部分按50%返还，对超30%~50%的部分按70%返还，对超50%以上部分全额返还。
1996年，为贯彻市、区城区工作会议精神，完善“两级政府、三级管理”体制，继续加大对街道财力的支持力度，制订《进一步向街道下放财力的意见》。1996~1997年，对街道实行分税体制的范围由原来的6个税种进一步扩大：自行车牌照税按街道当年征收数返还50%；企业个人所得税，超上年基数部分按50%返还；个人房屋出租房产税、营业税、城建税，以上年收入为基数，完成基数，确保上年利益，超收部分按50%返还；使用“无证定额完税证”征收的税收，以上年收入为基数，完成基数，确保上年利益，超收部分按80%返还；个体旅馆业税收，以上年收入为基数，超收部分按50%返还；街道所辖区无证修建房屋中涉及的税收，按街道实征数的50%返还。
1998年，为继续调动街道发展经济的积极性，在1996年的分税责任方案基础上，对原有纳人承包体制范围内的企业，简化核算方法，实行以1997年实际完成税收为基数，对完不成区级收入基数部分，按实从财政返还中扣补；对完成中央、区级收入基数的，以当年实际完成区级财政收入75%返还给街道，其中3%用作转移支付，以平衡各街道重大项目建设。
长征、桃浦两镇1992年底从嘉定县划入普陀区，1993年列入区财政管理体制。1993年，按1991年嘉定财政对两镇的收入基数，每年递增4%。对两镇上缴嘉定的风险基金，免于上缴。1994年中央实行分税制改革，区与两镇分税责任的主要方式为：①核定基数。以经核实的1993年税收，按分税制口径分拆成中央收入和地方收入两部分，分别作为两镇税收责任基数。②超收分成。凡全部完成中央和地方各项基数的，按1993年分税既得利益返还额返还给两镇；对完不成各项基数的，按实从返还数额中扣除；对超中央收入基数的部分不予计算和返还，对超地方收入基数部分按增量的70%返还。③递增上解。实行分税责任期间，两镇事权不变，每年递增上解数由原4%减为1%。1996年后的体制，按照1995年的收入基数，其他财政体制与1994年签定的分税制承包体制相同。
第二节 机构、人员
1991年7月，财税机构分设，成立普陀区财政局和上海市税务局普陀区分局，均为正处级国家机关。此后，随着国家财政、税制的改革、机构和征管模式的调整、干部人事的变动，两局的内设机构、工作职责、人员结构都发生较大变化。
一、机构
财政机构 1991年7月，根据市财政局统一部署，实行区财政、税务机构分设。分设后区财政局内设办公室、人事教育监督科、行政事业财务科、预算科（含控办）、综合计划科（含国债办）、企业财务科（合署税收、财务、物价大检查办公室）、会计事务管理科、国有资产管理科、财政一所（国营企业财政所）、财政二所（资金管理所）。
2002年，按照政事职责分开和精简、统一、效能的原则，区财政局内设办公室（人事宣传教育监察科）、预算科、行政事业财务科、社会保障科、城市经济建设科、财政稽查科、企业财务科、会计事务管理科、征收管理科、政府采购中心、会计培训中心。政府采购办公室设在区财政局。
税务机构 1991年，区税务局成立法制科。是年，局内设机构10个，即1个局机关、9个税务所。1992年，嘉定区长征、桃浦税务所划入上海市税务局普陀区分局，并成立西站检查站和对外税务所。1994年，成立上海市普陀区国家税务局，与上海市税务局普陀区分局合署办公。1995年，成立发票管理科、征收所。1998年，成立人教科、第八税务所和第九税务所，并撤销人事科、宣传教育科和第一查账所。2000年，实施征管改革，管理所由原来的2个增至4个，稽查所由原来的6个调整为4个。2001年，上海市税务局普陀区分局更名为上海市地方税务局普陀分局。2002年，按市局统一步骤，内设机构由原来的25个部门调整为23个部门，其中职能科室8个，即办公室（政策法规科）、人事教育科、监察科（党、工、团）、计划统计科、信息技术科、税政科（出口退税管理科）、征收管理科和稽查科，基层税务所15个，即征收税务所、第一至第九税务所、长征税务所、桃浦税务所、第一至第三稽查税务所。2003年，对基层税务所进行重新调整，归并2个税务所，并调整部分税务所的名称，基层税务所由15个减少为14个，即第一至第十五税务所，撤销第三税务所建制，暂时空缺。
二、人员
财政人员 1991年，区财政局共有工作人员58人，其中党员17人，占全局总人数29.31%，团员19人，民主党派1人；大专以上学历33人，占全局总人数56.90%；中级以上职称20人，占全局总人数34.48%。2003年，全局干部职工45人，其中党员15人，占全局总人数33.33%，民主党派7人；大专以上学历42人，占全局人数93.33%；高级职称2人，中级职称28人，中级以上职称占全局总人数66. 67%。
税务人员 1991年，区税务局共325人，其中中共党员80人，团员96人；大专以上学历112人。
1998年起，区税务局对人事制度进行改革，对中层干部全面实行聘任制，5名50岁以上的中层干部由实职转为虚职，一批年轻同志被充实到中层干部岗位。1999年，对党办、西站检查站等机构进行归并、调整，精简科室人员，充实第一线力量，有70名干部进行轮岗交流，轮岗面20%。2000年10月，进行用人制度改革，通过群众推荐，选拔8名政治素质好、业务熟悉、群众普遍认可的青年进行轮岗考察锻炼，参与、协助科所领导开展部门工作。
2002年，按市局统一步骤进行机构改革，工作人员数由上年的465人核减到350人，实际人数由上年的365人核减到328人。中层干部轮岗交流面50%，按市局对科级干部的管理要求，8名科所领导（女48岁以上、男53岁以上）退居二线，在职科级干部轮岗人员23名。2003年，对基层税务所进行调整，科室人员由原来的66人（不含工人）压缩到50人。同时，在全局人员中实行“双向选择”。经过4轮选聘，有7人落聘，选聘率98%。2003年，区税务局总人数338人。