1991年起，随着卫生改革的深化、卫生事业的发展，区卫生局内设机构逐步调整，基本完善了区内卫生管理机构。在医疗卫生、医政管理、药政管理、经费管理、血液管理和基本建设及卫生产业等方面全面进行改革，加强管理，以适应建立社会主义市场经济体制的要求。
第一节 管理机构
一、卫生局
普陀区卫生局是区人民政府的组成部门，主管全区卫生工作。业务关系隶属上海市卫生局领导。区卫生局下属各医疗卫生单位，负责全区医疗卫生业务工作和有关法律、法规的执行。1991年，区卫生局设秘书科、人事科、预防科、医管科、行政科、献血办公室、红十字会办公室、公费医疗办公室、爱国卫生运动委员会办公室（简称爱卫办），有机关工作人员44人。其中局长1人，副局长3人，科级干部18人。1997年3月，建立普陀区卫生局卫生监督所。1998年，区卫生局实施干部管理权限下放，率先实行局机关科以下干部聘任制试点。根据《普陀区卫生局职能配备、内设机构和人员编制方案》，区卫生局设置11个职能科室并归口管理区医保办、区爱卫办和区红十字会。医管科更名为医政科（含药政科），新设疾病控制科、卫生监督科、科教科。药政科下设区药品检验所，疾控科下设区疾病预防控制中心，监督科下设卫生监督所。2001年，成立普陀区医疗保险事务中心，加强区医保办的业务工作。同年10月，撤销药政科，归口药品监督管理局普陀分局管理。2003年，区卫生局机关有工作人员43人，具有大专以上学历30人，占69.77%。设局长1人，副局长4人，有科级干部22人。
二、爱国卫生运动委员会
是区政府的议事协调机构，负责统一领导、统筹协调全区的爱国卫生工作。1991年起，区爱国卫生运动委员会（简称区爱卫会）的历任主任由区长或副区长担任。下设区爱国卫生运动委员会办公室（简称区爱卫办），主要职责是贯彻实施有关创建国家卫生城区、建设健康城区和爱国卫生工作的一系列方针、政策。1991年，区爱卫办行政级别为科级，机关工作人员4人。至2003年，实际工作人员3人。
三、医疗保险办公室、医疗保险事务中心
区医疗保险办公室前身为区公费医疗办公室。1992年初，贯彻卫生部和财政部《关于公费管理细则》和上海市《关于公费管理补充细则》，恢复成立普陀区公费医疗管理委员会，由分管副区长任主任，区财政局、区卫生局副局长任副主任，并在区卫生局内设立区公费医疗办公室处理日常事务，由分管副局长任办公室主任。1995年8月，由区公费医疗办公室负责区内医疗单位、机关事业单位、企业单位的医疗保险（住院、大病医疗保险）改革试点模拟运转工作。1996年1月1日，原区公费医疗办公室改建为普陀区医疗保险办公室（简称区医保办），下设综合科、业务科、监督科。机构级别定为副处级，为机关行政编制单位，行政隶属于区卫生局，业务接受市医疗保险局领导。该办公室主要负责辖区内医疗保险（包括公费医疗）工作的管理。随着医疗保险范围不断扩大，政策不断完善，2001年1月，普陀区医疗保险事务中心与区医保办合署办公，实行一套班子两块牌子。该机构为事业单位，工作人员20人。负责辖区内医疗保险凭证管理和个人账户管理等8大类16项医疗保险社会化管理服务工作。
第二节 医疗卫生改革
为解决境内人口导人与医疗卫生资源相对不足等矛盾，提高卫生医疗机构的工作效率和服务质量，区卫生系统进行了一系列改革。
一、综合目标管理责任制
1991年，区卫生局率先在区中心医院进行综合目标管理责任制改革试点工作。在精神文明建设、医疗质量、预防工作、行政管理、经济管理等方面对医院提出目标要求。医院实行党委领导下的院长分工负责制，对院、科两级负责人根据管理效应、管理质量、管理效率定期予以奖惩。在全院开展定编、定员、定数量、定质量、定精神文明要求及奖优罚劣为内容的“五定一奖”制度改革。通过改革，该院门急诊量、床位使用率、业务收入等分别比上年同期增长7.6%、7.1%和42%。在全市区中心医院精神文明建设年终评比中，第一次获得全市第二名的好成绩。1992年，在利群医院等6个单位推广综合目标管理责任制。1994年，卫生系统全面实行综合目标管理责任制改革。同年，区中心医院被评为全国卫生系统先进集体。
二、人事、分配制度改革
1992年，区卫生局制订《普陀区卫生系统劳动人事制度改革意见》，要求各单位实行高聘、低聘、待聘、试聘、待退休、签订上岗合同等内部人事制度改革，打破“大锅饭”、“铁交椅”等现状，并加大分配制度改革力度。
1993年，根据《上海市人事局关于进一步下放人事管理权限实施意见的通知》精神，区卫生局在全系统进行专业技术职务聘任制度改革。在区人事局审核批准的高、中、初级岗位设置和结构比例范围内，实行单位自主聘任专业技术职务。对具有专业技术职务任职资格和通过国家统考取得相应资格的人员，高聘或低聘后的工资待遇按国家有关规定执行。对单位内部自主聘任的，未取得相应专业技术任职资格人员，其工资待遇由单位自行确定，经费自筹，单位内部有效。同年，全区卫生系统业务技术人员中，高聘28人、低聘2人、待聘2人、转岗20余人、待退休10人、内部留职停薪5人。1997年，区卫生局召开卫生人才工作会议，将人事制度改革引向深入。启动卫生系统“十百千”人才建设工程；组建区卫生高级人才引进工作小组；设立卫生人才专项基金、特殊津贴；对高级人才的住房、生活、医疗等予以优惠；对系统内有突出贡献的技术人员实行“准高级”内聘制、破格晋升制等。同年，区卫生系统引进高级技术人员9人，有6名高级卫技人员享受特殊津贴待遇，并在首届区卫生工作会议上，授予同济医院张代富、黄国长、李锦文，区中心医院王钦尧、顾永琪、李士忠、范忠泽，区人民医院费云捷、张洪熹，利群医院张鹤年等10人为区十大名医称号。
1998年，根据《上海市事业单位实行聘用合同制暂行办法》精神，在区妇婴保健院等3个单位进行全员聘用合同制试点工作。1999年，在全区各基层单位推行。同时，根据市卫生局有关精神，鼓励医院中的高级卫生技术人员在保留原单位编制的前提下，以技术支援的方式，到同级或下级医疗单位工作，进行挂编流动。2001年，区卫生系统人才交流服务中心成立，对81名新进大中专毕业生和调人的医务人员实行人事代理。
三、医疗费用改革
1994年7月，市卫生局等部门制定医疗费用实行“总量控制、结构调整”的改革方案。其目的为控制医疗费用的过猛增长，降低不合理的药品消耗，减少不必要的检查；适当增设和调整部分体现医务人员技术劳务价值的收费项目，切实提高医疗质量，改善服务态度。区卫生局制订《“总量控制、结构调整”暂行办法》，要求各单位严格执行，并进行按月检查，及时调整。当年，全区减少医疗费用5000万元，有效遏制医药费用的过猛增长。1996年，区医药费总收入3.17亿元（不含同济、纺一医院），药品收入增加2389.62万元，同比增长率均低于市卫生局规定指标。1997年，各医疗单位通过服务量、次均费用、药品费用比例、平均住院天数、单病种费用等调控指标控制医疗费用，全区门诊药费比例下降到65%，住院药费比例下降到44%，综合药品比例下降至53%，1998年，医药费用比1997年下降4个百分点。1999年，全区医药费用4.96亿元，增长率控制在11%以内，比1998年下降4个百分点；药品费用2.72亿元，增长率控制在9%以内，比1998年下降3个百分点。此项改革为医疗保险制度出台创造较好的环境。
四、医疗保险改革
劳保医疗改革 1991年，全区所有企业职工均享受劳保医疗，职工直系亲属享受半费医疗。职工患病在单位指定的特约劳保医院就诊治疗，所发生费用由单位与特约劳保医院结算。1995年8月，上海市城镇职工医疗保险（住院、大病医疗保险）制度改革试点模拟运转，拉开了全社会统筹的医疗保险改革的序幕。区内7家企业单位参加改革试点的模拟运转。1996年5月1日，根据《上海市城镇企业职工住院医疗保险暂行办法》，企业劳保医疗纳入社会统筹的医疗保险范围。是年7月，三资企业住院医疗保险方案又相继出台。至同年底，全区792家企业参保，投保率99.2%，三资企业参保率100%，1997年，区医疗保险覆盖国有企业、外资企业中的中国职工、私营企业、个体工商户和合作联社等多种经济实体，私营企业参保率66%，个体工商户参保率36.5%,受保障人群35. 6万人。1998年，组织实施退休人员一般门诊、急诊医疗保险试点，涉及企业1396家，退休人员159398人。1999年，全区医保人群40万人，参保单位2568家，参保率99.7%。2000年，参保单位3050家。2001年4月，扩大门诊大病医疗范围，对尿毒症、癌症、精神病等重病大病参保患者实行医保减负政策。2003年3月，对城镇参保低收入困难人员住院起付标准线以下部分的医疗费用实行减负政策。
公费医疗改革 1991年，区内机关、事业单位职工享受公费医疗，职工直系亲属享受半费医疗。区公费医疗办公室负责处理日常事务工作。1992年，为控制公费医疗费用的过猛增长，在区中心医院进行公费医疗代管办法试点并在全区推广实施。1993年起，实行“定点医疗、定额包干、超支分担、节约留用”，建立“先审核，后付款”等制度。1995年8月，区内6个机关、事业单位参加上海市城镇职工医疗保险（住院、大病医疗保险）制度改革试点模拟运转。1997年10月，医疗保险对象扩大到非公费医疗经费开支范围的部分事业单位职工，境内71个单位8890名职工参保。1997~1998年，区医保办对公费医疗进行重大改革，将原来公费费用“按服务支付”改为“预付制”，并出台促进公费医疗上下级医院“转诊转费”正常运转的相关规定。2001年3月，辖区内享受公费医疗的机关和事业单位5.15万名在职及退休职工纳入基本医疗保险，实现公费医疗制度和医疗保险制度的历史性并轨。
医保改革的管理 1995年8月，在上海市城镇职工医疗保险（住院、大病医疗保险）制度改革试点模拟运转工作中，区公费医疗办公室负责组织区内20所医疗单位、6个机关事业单位、7家企业进行试点模拟运转。1996年区医保办，先后接受区内20所医院成为上海市职工医疗保险约定医疗机构的申请，逐步将辖区内国有、集体、股份制、外资、私营企业、非公费医疗经费开支的部分事业单位职工和这些单位的离退休职工、个体工商户及其帮工、自由职业人员纳入医疗保险范围。1997年，区医保办制订并下发《关于加强住院病人账袋管理的若干意见》，提高出院病人费用结算的规范性和准确性。至1999年，普陀区住院医保费用总量处于全市20个区、县最佳状态，出现单位医疗成本下降、总服务量大幅度增加而总费用基本持平的良好结果。全年全区医保总床日数118万，比上年增长9.38%；出院21018人次，比上年增长32.53%；总费用1. 8亿，比上年增长1.51%，2000年，针对医疗机构医保管理中存在的乱收费、乱开药、乱化验等问题，区医保办开展医保监督专项治理，使全区医保费用及各项指标走势平稳。2001年，社会统筹和个人账户相结合的新医保制度在区内全面运行。区医疗保险事务中心认真做好医保凭证管理和个人账户管理等八大类16项医疗保险社会化管理服务工作；完善35个医保结算单位计算机实时结算的网上管理；做好破产企业退休人员医保的日常管理工作；加快公费医疗向医疗保险统筹管理过渡。2002年，按照“保证看病，减少浪费，保证发展”的原则，区医保办加强医保会审和督查工作，对医院进行医保费用结算月会审制度，对医保高费用、高频次的对象进行重点监控和调查，对医保的医疗供需双方进行制约和监管。至2003年，区医保办和医疗保险事务中心平均每年政策咨询和业务接待达8万多人次。
五、卫生监督体系改革
1993年，区卫生防疫站成立卫生监督执法检查中队，对全区卫生监督监测工作依法行使行政监督。1995年3月，各街道医院设立卫生监督科。1997年3月，建立普陀区卫生局卫生监督所，各街道医院卫生监督科相应改为卫生监督分所。1998年7月，区卫生局新设卫生监督科和疾病控制科。1999年12月，撤销原普陀区卫生防疫站，成立区疾病预防控制中心，预防控制慢性病，开展传染病防治和应对公共卫生突发事件。2001年，按卫生监督执法工作与卫生技术服务职能进一步分离的要求，将医疗行政，食品、环境、劳动、放射、学校卫生等监督执法工作归口区卫生监督所。区卫生监督所成立医疗执业监督科，承担医疗执业准入、医疗质量监督和医疗事故处理职能。同年10月，药品和医疗器械监督管理工作归口药监普陀分局。形成公共卫生监督、药品医疗器械监督和医政监督三大卫生监督执法体系。建立疾病预防控制、卫生监测网络及区与街道两级卫生监督队伍。
六、企业医院属地化改革
1999年1月，被列入企业医院体制改革试点单位的上海纺织第一医院（简称纺一医院）率先实现属地化管理，成建制划归普陀区人民政府。除医院行政隶属关系发生变化外，内部管理、机构体制、职工队伍等暂时维持原状不变。同年4月26日，在副市长左焕琛主持下，普陀区人民政府和上海市纺织控股（集团）公司签约。5月26日，普陀区人民政府举行欢迎仪式，市卫生局、市体改办、市纺织控股（集团）公司、区四套班子及区卫生局领导出席。上海纺织第一医院正式属地为普陀区二级甲等综合性医院，更名为普陀区人民医院。
七、社会多元化投资办医
区卫生局在保证国有资产安全的基础上，在保证基本医疗的前提下，选择利群医院实施股份制改革试点。2001年2月，在利群医院迁建过程中，由区卫生局协议引进上海展钺实业有限公司民营资金8100万元，将利群医院改制为股份制医院。区卫生局占利群医院股份47%，展钺公司占股份53%。合资医院以公立非营利性医院的形式进行运作，内部按股份制医院的形式进行合资经营，接受市、区卫生行政管理部门的行业指导，实行自主经营。利群医院设立股东会、董事会、监事会，实行在董事会领导下的院长负责制。2001年12月，新建利群医院正式开诊运营。2003年，为满足社会不同层次医疗需求，区卫生局鼓励社会多元化投资办医，建成合资民办康丽整形外科医院、民营九洲泌尿外科医院。
第三节 医政管理
1991年起，区医政工作以抓好医疗机构为重点，努力提高医疗质量和服务态度。1992~1995年，完成全区医院等级评审工作。1997~1998年，区卫生工作会议和区中医工作会议先后召开。2000年，加强社区卫生服务中心的建设管理。2001年，制订并实施《普陀区区域卫生规划》，对医疗机构走集团化道路进行探索。2002~2003年，依法加强境内医疗机构的医政管理，打击无证非法行医，整顿、治理和规范医疗市场。
一、医疗机构管理
1991年，区卫生局制订《门急诊工作文明服务管理规范》，全区医疗单位通过两年的严格考核，取得明显效果。1995年，在医院“上等达标”的基础上，重点抓住门急诊技术力量配备和首诊负责制，并进一步落实病史书写质量、三级查房等9项制度。1996年，区卫生局以质量管理为核心，以6项医疗服务质量指标为目标，建立医务科长例会和逐月考核制度，甲级病案率保持在90％以上。
1997年，根据市政府《上海市医疗机构管理办法》、《上海市医疗机构设置审批、执业登记实施意见》等6个文件，区医政管理开始向依法行政过渡。区卫生局制订并实施《关于开设专科专家门诊的若干规定》和《关于开设医疗门诊点的若干规定》，共取消不合格门诊点6个、专家门诊20个。1998年，区卫生局成立临床医疗质量控制小组，对医院的医疗、护理、医技和药政每季度进行一次抽查，检查结果向全系统通报。同年，区中心医院在全市医疗护理质量检查中，获全市同级医院医疗、护理质量双第一。区卫生系统也率先成为全区首家文明行业。
1999年，以满足患者身心需要、恢复健康为目标的整体护理模式在区卫生系统推行，有13个病区成为整体护理模式病区，比上年增长62.5%，超额完成市卫生局下达的规定指标。
2002年，区卫生监督所设立医疗执业监督科，承担医疗机构执业准入、医疗质量监督和医疗事故处理职能。是年，成立普陀区医疗事故处理办公室和普陀区医疗事故技术鉴定中心。要求全区各医疗机构严格执行机构、人员、床位、设备、技术要素等相关准入制度，并建立普陀区医疗事故处理联席会议制度，多层次化解医患矛盾。同年，提出医疗事故申请鉴定8起，其中2起鉴定为医疗事故。
2002年，完成设置个体诊所8所、门诊部1所和民办医院1所，变更恢复一级医疗机构1家，完成9家医疗机构、17家个体医疗机构以及70家内部医疗机构校验换证工作。完成相关医师资格及大型医疗设备准入工作。
二、医院等级评审
1992年，根据市卫生局的部署，成立区医院等级评审委员会和医院等级评审办公室。区卫生局确定长风、石泉、宜川、长征4所地段医院为首批上等级单位，经评审专家组评审通过，被评为一级甲等医院。1993年，区中心医院被评为二级甲等综合性医院。曹杨、长寿、白玉、东新地段医院被评为一级甲等医院。1994年，区中医医院和区妇婴保健院通过等级评审，被评为二级甲等专科医院。桃浦地段医院被评为一级乙等医院。1995年，利群医院被评为二级乙等医院，铁路甘泉医院、纺一医院分别被评为三级和二级甲等综合性医院。2003年，全区共有三级甲等综合性医院1所、二级甲等综合性医院2所、二级乙等综合性医院1所、二级甲等专科医院2所、一级甲等医院9所、一级乙等医院1所。
三、医疗机构规划
1992年，区卫生局对境内医院进行撤并、调整和新建，将普陀、胶州街道医院合并为长寿街道医院；结核病防治所并人区中心医院；新建利群大众红十字老年护理医院、普陀区红十字护理医院。1994年，区公费医疗门诊部并人白玉街道医院。1995年，区中医医院迁入新址，同址增设普陀区老年医院。长寿街道医院迁至平利路57号，更名为甘泉地段医院。在澳门路671号设立长寿街道医院预防保健门诊部。1996年8月，区中医医院成为区中心医院分院，两院实行技术标准统一、服务规范统一、医疗管理统一。同年底，新桃浦地段医院建成，并成为利群医院分院。1997年11月，中山北路街道医院并人石泉地段医院，成为该院中山北路分院。1999年10月，根据市政府实事工程要求，将中山北路分院改扩建成区老年护理医院。2000年2月，利群医院西迁建设工程启动。
2001年，区卫生局制订并实施《普陀区区域卫生规划》。全区建成“东北同济、东南人民、中部中心、西部利群”四大区域医疗中心。按照市有关“一街一镇一中心”的要求，调整全区社区卫生服务中心的布局，增设社区卫生服务点。2003年，组成辖区医疗、预防服务新体系。
四、医疗集团化
1996年，石泉街道医院走联大靠大的道路，与上海铁道大学附属甘泉医院建立联合医院。2000年，以区人民医院为龙头，东新、石泉、宜川、甘泉等地段医院共同组建东南区域医疗集团；以区中心医院为龙头，曹杨、白玉、长风、长征等地段医院共同组建中部医疗集团。在区域集团内部实行上下联动、资源共享、双向转诊，并在专家会诊、实验室设备应用、医务人员进修和科研等方面进行合作。
2000年5月，区人民医院、区老年护理医院加盟华山神经外科集团医院，成立华山神经外科集团医院普陀分院。分院设置在区人民医院内，侧重于颅脑肿瘤和颅脑损伤患者的诊断治疗。区老年护理医院为分院神经外科术后患者提供康复床位，填补普陀区高级神经外科手术的空白，盘活医疗资源存量。2001~2003年，华山神经外科集团医院普陀分院共收治病人1661人，进行手术747人次，业务收入2710万元。
2000年7月，区中医医院加入市龙华中医医院集团。2001年，该院在龙华医院专家指导下，加强中风特色专科建设，中风专科床位使用率91.7%，专科门诊诊疗43~80人次，针灸治疗5755人次，出院病人460余人次。并建立中风专科病区康复室，研制成“中风康胶囊”，在研究治疗急性脑血管病患者功能障碍方面取得一定进展。
同年8月，利群医院与第二军医大学（简称二军大）签署联合办院的协议。利群
医院派出医务人员赴二军大进修学习，36名二军大学生在利群临床医学院开始为期2年的学习。同时二军大派出资深专家教授驻院带教并参加临床实践。
2000年8月，区中心医院加盟上海市第六人民医院联合医院。联合医院以技术和管理为纽带，实行紧密型业务合作。2001年，开展双向转诊120人次、院间会诊308人次。开展联合体医院医疗质量联合督查、课题招标和论文交流活动。举办大型专家医疗咨询活动，参加咨询的有2388人次。
2001年12月，区精神卫生中心与同济医院在精神医学教育、医疗康复、人才培养及管理方面进行全面合作，成立同济医院普陀分院。
2003年，区中心医院成为上海中医药大学普陀临床医学院。
五、中医工作管理
1992年3月28日，区中医医院从西康路1000号迁至黄陵路25号。同年，在区中心医院成立中医肿瘤科。1993年，选拔区中医医院医生花根才、章日初参加上海市中医师承教育班深造，并分别师承著名中医老专家张云鹏、颜德9，为期3年。同年，区中医医院在平利路57号开设甘北分院，并与区药剂学校合作建立区中医医院制剂室。1994年3月，在甘北分院开设中医中风病房。同年4月，在区中医医院成立市中医中风医疗协作中心。1995年，区卫生局加大对中医事业的投资，扩建区中医医院，并将该院迁至曹杨路1261号。1996年4月，区中医医院参加由上海市8所中医医院联合成立的上海市中医机构医教研联合体。
1997年，上海市全面启动中医工作“杏林工程”，加强中医内涵和特色专科专病建设。区中心医院设中医内科和中医肿瘤科2个病区，有二级学科5个（中医内科、肿瘤科、伤科、康复科、综合门诊科），设有中医内科、中医肿瘤科、中医心病、中医脑病、中医肾病、中医肝病、中医妇科等专科门诊。该院中医科被评为市示范中医科。同济医院设二级学科5个（中医内科、中医妇科、中医外科、中医肛肠科）。区人民医院开设老中医专科、特色专科和专家门诊。
1998年9月，根据《上海市发展中医条例》，全区加强中医的管理标准化和规范化建设。同年11月10日，区政府召开首次普陀区中医工作会议，会议决定加大对中医事业的经费投入，增长幅度要高于卫生事业经费的增长幅度；区财政每年安排中医发展专项经费，用于扶植重点的中医医疗、教育、科研和大型医疗设备购置；成立专门的中医学科评审鉴定机构，并在区卫生系统中级技术职称资格评审委员会下设中医评审专业组。会议要求加强中医医学领先专业特色专科建设、中医专科（专病）医疗协作中心建设及中药制剂的研制开发。会议表彰了在中医领域有突出贡献的中医和中西医结合工作者，范忠泽等7名医务工作者获得区政府设立的首届“华佗奖”。
1999年4月，区中心医院和区中医医院药房被市卫生局评为“放心药房”。9月，区中医医院被评为“全国示范中医医院”。同年，区中心医院中医肿瘤科被评为市临床医学特色专科，该科副主任孙珏入选上海市区县学科带头人培养计划。2001年，同济医院、区人民医院的中医科被评为上海市综合性医院“示范中医科”建设单位。至2003年，有2名主任医师被上海市中医药大学聘为硕士生导师。
第四节 药政管理
1991年，区卫生局按照《中华人民共和国药品管理法》，成立医院制剂品种审批小组，审批各医疗单位自制制剂531种。对全区医疗单位和药品经销单位进行药品抽检4次，共抽检样品452份。1992年，制订药品外采及管理的若干规定，次年进行修订。基本理顺药品采购渠道，杜绝药品乱采购情况，保证药品的质量。1994年，区卫生局组织2次全区范围的药品质量大检查，抽样80件，其中12件质检不合格。取缔无证药贩，收缴药品价值6万余元。组织5年1次的区内医疗机构制剂许可证和药品经销单位药品经营许可证的验证换证工作。1996年6月，根据市卫生局《上海市卫生系统关于开展药品回扣专项治理的实施方案》和《关于对药品回扣违法行为开展专项检查的工作意见》，区卫生系统开展药品回扣专项治理工作，清查药品回扣、促销开单费、以物代药等问题。同年11月，由区工商局、区检察院、区纠风办和区卫生局组成的联合调查组对区内7个医疗单位进行检查。会同市卫生局进行4次药品质量大检查。区药检所全年进行663件检品检验，合格率94.7%。2000年，推行医药分流改革，执行医药分别管理、分开核算政策。2001年，全系统启动医疗机构药品集中招标采购工作。成立专项工作领导小组和办公室，实施集中公开采购工作，以比较低廉的价格采购优质的药品。区卫生局进行区中医医院药房社会化工作试点，引进复星药业集团联合经营该院门急诊药房。2001年10月，上海市药品监督管理局普陀分局成立，区药政工作移交该局监督管理。
第五节 经费管理
卫生经费管理是医药卫生管理的重要组成部分。区卫生事业经费由市、区两级政府拨款和医疗卫生单位业务收入三部分组成。主要用于全区医疗卫生单位日常业务开支，仪器设备更新、添置，房屋大修、建造，职工工资奖金等。
一、财政拨款管理
市、区两级政府对区卫生事业的财政拨款以区级财政拨款为主。市级财政拨款主要随市政府指定的专项建设任务下达，该款项由区卫生局监管，专款专用。1991~2003年，市级专项财政拨款共738.5万元，年均56.81万元。
区级财政所拨款项主要由区卫生局根据有关方针政策、辖区卫生事业计划要求及历年经费实际使用情况进行管理。1991~1996年，区财政年均拨款仅1443.17万元。1997年，区政府召开普陀区卫生工作会议，明确提出随着区经济的发展逐年增加对卫生事业的投入，其增长幅度不低于区政府财政支出增长幅度。1998年，区政府召开的中医工作会议进一步明确，对中医事业经费投人的增长幅度要高于卫生事业经费的增长幅度。1997~2003年，区级财政拨款年均4329.53万元。2000年，基层医疗机构的预防保健经费，增加至每万人口8万元。2003年，区级财政拨款9810.29万元。1991~2003年，区级财政共拨款38965.74万元，其中固定拨款24054.5万元，专项拨款14751.24万元，基本建设费160万元，年均拨款2997.36万元。2003年，全区区属医疗卫生机构固定资产6.79亿元。
二、医院业务收支管理
区属医院的经济来源除政府财政经费拨款外，主要依靠医院自身的业务收入。1991~1994年，全区医疗业务总收入年平均增长率24%。实行“总量控制、结构调整”政策以后，全区医疗费用过猛增长的势头得到遏制。至1999年，全区医药费用总量增长控制在11%以内，药品费用增长控制在9%以内，总控医药费用4.96亿元，药品费用2.72亿元，药品费用为医药费用总量的54.84%。
1999年1月1日起，区卫生局要求卫生系统各单位全面实行新的财务、会计制度。新制度规定对医药费用实行分开核算、分别管理，通过提取修购费用的办法解决固定资产逐步补偿问题。取消在收支结余中提取奖励基金、超劳务提成和业余医疗服务收入提成的旧分配制度。2001年，区卫生系统实施银行账号和“小金库”清理、国有资产清查以及规范政府采购工作。2002年12月，成立区卫生系统财务记账中心，根据区政府要求和其他工资发放核定政策，区卫生局严格加强基层单位奖金发放总额管理，同时鼓励各单位引人竞争机制，进行人事、分配制度改革。2003年，全区区属单位医疗业务收入10亿元，其中药品收入5.03亿元。1991~2003年，全区区属医疗机构医疗业务总收入62.78亿元。
第六节 血液管理
普陀区献血办公室是区卫生局下属的全区血液管理专门机构。1991年起，区献血办公室依照《上海市公民义务献血条例》组织实施辖区内公民义务献血，开展有关献血的奖励、处罚及献血公益宣传活动。血源主要由辖区内各单位根据区献血办公室下达献血指标，动员和组织公民进行义务献血。
《中华人民共和国献血法》、《上海市献血条例》颁布实施后，血液管理工作进入法制管理的新阶段，献血工作由公民义务献血过渡到公民无偿献血。1998年，由于区内企业单位关、停、并、转等原因，完成计划献血任务困难很多。区献血办公室积极开拓新血源，大力宣传“家庭储血，互助用血”，将献血面扩大到社区街道，按计划完成当年献血任务。2000年，按照《医疗机构临床用血管理办法》，对区中心医院、区人民医院、同济医院落实市献血办公室指导性、指令性考核指标。
2002年，区献血办认真贯彻市血液管理办公室提出的“212”方略，即增强无偿献血宣传力度，增强公民志愿献血的积极性；逐步减少指令性献血任务；调动采供血机构的主动服务意识，调动广大市民自愿无偿献血的积极性。当年流动采血车上街采血1569人份；志愿者无偿献血亦有进展，社区献血2650人份。2003年“非典”期间，为保证临床用血和输血安全，在献血前加强对病史的认真调查，体检时增加测量体温等检查，献血后两周内进行跟踪随访，完成计划献血任务。
1991~2003年，共完成献血141163人份，年均献血10859人份，年均超计划完成3.07个百分点。1991~2003年，全区获全国无偿献血金杯奖9人，获全国无偿献血奉献奖金奖2人、银奖1人、铜奖1人，获上海市无偿献血白玉兰奖1人，获上海市无偿献血纪念奖127人。
第七节 卫生产业管理
1992年，为贯彻卫生部“以工助医、以副补主”精神，区卫生系统有17个单位开办贸易公司和三产经营部。至2003年，上海市凯缘实业有限公司和上海利意科技发展有限公司等卫生产业逐步转为企业化管理，实行独立核算、自负盈亏的经营模式。
上海利意科技公司。1992年8月，由区中心医院投资50万元成立。2001年，发展成为上海利意科技有限公司，注册资金223万元。2003年8月，改制为股份制的上海利意科技发展有限公司，注册资金500万元。同年年底，公司拥有总资产1343万元，净资产900万元，固定资产536万元。下设丽伊卫生服装厂、普陀区卫生洗涤中心、上海利意大药房、上海利亿房产营销置换有限公司、上海普陀区康丽整形外科医院等5家经济实体。1992~2003年，总营业额1.2亿多元，上缴税金807万元，上缴医院管理费1600万元，并为区中心医院分流职工18人。
上海市凯缘实业有限公司。1996年12月成立。该公司由区卫生局下属基层单位投资成立的区卫生物资配置中心，负责全区卫生系统医疗器械、医用材料、后勤物资、印刷材料、药品购销等业务。至2003年底，销售总额5849万元，创税后利润356.90万元，上缴国家税金198.61万元，股东单位分红224.90万元。为基层单位购置大型医疗设备总计262台（套）。