20世纪90年代起，区体育局作为政府的职能部门，主要是贯彻执行国家体育工作方针、政策、法规，编制区体育事业的发展规划、计划并组织实施。同时指导全区各系统、各部门和街道、镇、学校的体育工作，推行《全民健身计划纲要》，大力开展群众性体育活动，实施国家体育锻炼标准，组织、指导国民健康体质监测工作；推行《奥运争光计划纲要》，统筹规划区运动项目的设置和布局，研究和指导运动场所的建设和管理，负责青少年业余训练，实施“体教结合”的工作方针。
第一节 管理机构
区体育局原名区体育运动委员会（简称区体委），地址曹杨路400号。区体委下设办公室（党委办公室）、业务科、财务科和群体组。1992年，区政府为进一步加大体育硬件建设的力度，将新建的拳击馆置换后，在甘泉北块建造普陀体育中心。区体委临时迁移至区游泳学校内（中山北路2605弄156号）。1996年，区体委迁至西乡路118号新建的普陀体育中心内，下设办公室（党委办公室）、业务科、社会体育科、财务科。
2002年4月，根据市委、市政府《关于普陀区机构改革方案的通知》的决定，区体委更名为区体育局。下设办公室（党委办公室）、群众体育科、竞技体育科，机关行政工作人员9人。
至2003年，区体育局下属有8个全民事业单位：普陀区青少年体育运动学校、普陀区青少年业余足球学校、普陀区青少年业余游泳学校、普陀体育中心、普陀古越龙山体育馆、真如体育场、曹杨游泳池和新健俱乐部。
第二节 体制改革
一、人事制度改革
1999年起，区体育系统事业单位全面实行聘用合同制，与工作人员签订聘用合同。2000年，实行教练员先试用后招聘原则，为增加竞争机制，采用聘用客座教练员的形式，对客座教练员同样有比赛成绩和输送运动员要求，取得成绩给予高于一般教练员的奖励。对参加市运动会等重大比赛中取得突出成绩的教练员给予破格晋升。2001年起，区体育系统事业单位专业技术人员实行评聘分离，每年根据德、能、绩考评结果，进行聘任。2003年，聘用职工210人、教练员56人。
二、训练体制改革
训练项目调整 1998年第十一届市运动会后，区取消非奥运会项目航模和海模训练项目。2000年，重新设点布局和改变招生制度，增加跆拳道训练项目，该项目为市批准的区办二线训练项目，并试行面向全市招生。2002年，为了加强对重竞技项目的管理，区体育局批准在少体校内设区重竞技运动训练中心。2003年新增国际摔跤训练项目。
训练方式改革 1991~1997年，体育训练一直沿用无偿训练的方式。1998年，游泳、足球等部分项目开始实行有偿训练。2000年，所有项目实行有偿训练，收费按照市体育局、市物价局规定的标准收取，主要用于补贴训练经费不足。
第三节 社会团体
体育协会和体育俱乐部是组织群众参加体育活动的民间组织。随着广大群众体育意识的不断增强，体育协会和体育俱乐部的数量在不断扩大，全区从20世纪90年代的6个体育协会发展至2003年的13个单项体育协会和2个体育专业委员会，有团体会员227个，个人会员8909人，体育协会和体育俱乐部的自身建设和党建工作不断强化，社会化、产业化、实体化进程逐步加快。
一、体育协会
区体育总会 1972年成立。由区内企事业单位、社会团体和个人自愿参加，不以营利为目的，经区社团管理部门核准登记的具有法人资格的社会群众性团体组织。2003年，有12个单项体育协会、50个团体单位。业务主管部门区体育局，同时接受市体育总会的业务指导。体育行政部门的主要负责人，兼任该会的主席。总会实行秘书长负责制，秘书长由体育行政部门分管领导担任。区体育总会积极贯彻党的体育方针、政策，在社会各界的支持下，团结广大体育工作者，发展区的体育事业，开展全民健身活动，为提高全民身体素质和社会主义精神文明建设服务。1991年起，主办或与有关部门共同承办全区、全市性体育比赛活动，会同有关部门开展体育科学研究活动，提高体育工作者的业务水平。在市、区体育行政部门的统一领导下，行使对区内各单项体育协会的指导和管理职能。
区足球协会 1978年成立。该协会主要是组织竞赛、交流足球技艺、举办各类专业性技术讲座、观摩国内外大型赛事，发挥社团桥梁纽带作用，推动区足球运动发展。先后培养出李中华、张惠康、成耀东、李晓、祁宏、于涛等一批优秀足球运动员。区足协十分重视开展群众性足球运动和培养青少年足球后备力量的工作。20世纪90年代初，编排一套幼儿足球操，连续15年在各幼儿园与小学低年级中操练，培养少年儿童对足球运动的兴趣。2000年起，区足协更加重视区群众性足球运动的开展，组织参加每年一届的“新民晚报杯”中学生足球赛，参赛成绩一直在全市名列前茅，同时每年组织一次区“足协杯”比赛。2003年，根据市足协布点要求，区足协和中远国际足球俱乐部合作成立中远青少年足球培训中心，专事培养青少年足球运动员，为俱乐部和区挑选、输送足球后备人才。
区游泳协会 1982年成立。该协会业务范围：研究游泳理论、交流游泳技巧、组织游泳竞赛、举办各类培训班。1991~2003年，协会参加市中小学生游泳比赛、敬业杯游泳比赛，共获金牌83枚、银牌101枚、铜牌63枚。代表市参加全国少儿各级游泳锦标赛、冠军赛、分区赛中，获得金牌36枚、银牌22枚、铜牌23枚，打破1项全国年龄组纪录、13项上海市年龄组纪录。1996年起，向上海市二线输送31名游泳运动员、上海市一线输送11名游泳运动员。
区老年人体育协会（简称区老体协） 1982年成立。协会积极组织老年人参加体育锻炼，帮助老年人增强体质，预防疾病。1991年起，培训各体育项目老年骨干1000多人。针对一些不经常外出的老年人，区老体协自编一套绿色保健操，供老年人在家锻炼。由于锻炼效果明显，深受老年人的喜爱，绿色保健操被全国老体协评为优秀创编项目奖，并向全国推广。在上海市第六、第七届老年人运动会上，区老体协参赛成绩都名列前茅，在第七届老年人运动会中，589名老年运动员参加23个项目比赛，获金牌29枚、银牌33枚、铜牌19枚，参加项目获得奖牌数均列全市第一。2001年，区老体协将有实力参加市比赛的项目与街道、镇“结对子，找娘家”，使体育项目走进社区，社区也为团队提供一些训练经费。“结对子，找娘家”活动被市老体协称为“普陀模式”在全市推广。
区信鸽协会 1984年10月12日成立。1991年起，协会会员积极参加市信鸽协会组织的各项信鸽竞赛活动，取得优异成绩。2001年秋，获汕头站（南路）竞赛单鸽亚军（全市参赛3283羽）。2002年，在市运动会信鸽竞赛中，获厦门站（南路）竞赛单鸽冠军（全市参赛8625羽）、区县级两项团体第四名。2003年秋，获厦门站（南路）竞赛单鸽第五名（全市参赛8522羽）。1991~2003年，获市中长距离冠军近10次，获区组团体冠军5次、亚军3次、季军4次。1999年起，为提高区赛鸽的竞翔水平，挖掘优良鸽种，区信鸽协会每年举办一届“新世纪——普陀杯”特比环大奖赛。2002年起，每年举办秋季“普陀杯一精英赛”(500羽大奖赛）。两项赛事面向全市信鸽爱好者，成为协会的传统赛事。和平鸽放飞活动是协会支持社会公益事业，配合参与社会活动的一项重要服务项目，协会会员积极参加彩鸽放飞，如区机关运动会、中小学运动会、花卉节、艺术节、上海市苏州河龙舟赛、全民健身活动、区特殊人奥运会以及大型庆典、奠基仪式等。协会还十分注重文明养鸽的宣传教育，积极维护居民群众的合法权利，教育会员文明养鸽、科学管理。在抗击“非典”期间，下发紧急《通知》和《管理暂行规定》，停止一切竞训活动，为会员配送消毒粉、疫苗。1991~2003年，共放飞彩鸽10万羽。区信鸽协会多次被上级部门评为优秀体育协会、全民健身活动先进集体。
区汽车摩托车运动协会 1987年成立。协会遵守国家法律法规，为提高汽摩运动水平和提高驾驶员交通安全意识、维护社会治安稳定服务。1995年起，协会主要开展的活动有：培训摩托车驾驶员技能、交通安全教育、摩托车修理、驾驶技术比赛、安全行车评比活动和开展摩托车运动咨询科研工作。1998年，在CY150CC越野车团体比赛中获第三名。2000年，在豪情杯摩托车超级越野障碍赛125CC、250CC级团体比赛中获第二名。
区木兰拳协会 1998年成立。下设20个木兰拳辅导站，爱好者数万人。协会有计划地组织各团队教练员参加不同级别的拳、操、舞学习班，提高团队的健身指导水平。2000年起，协会组织数次千人规模的展示活动。2002年，组队参加市第十二届运动会木兰拳项目的中老年2个组别比赛，获团体第二名和第三名，个人第三名和第八名。协会树立大局意识、服务意识，为各会员排忧解难，有求必应。为各团队开展相关体育活动提供裁判、音乐、服装等，并帮助培训。2003年，区木兰拳协会被市武术协会评为先进单位。
二、青少年体育俱乐部
2000年，区体育局创办由国家体育彩票公益金资助的国家级青少年体育俱乐部。2001年，上海市晋元高级中学成为全国第一批“国家级青少年体育俱乐部”。至2003年，区成功创办普陀古越龙山体育馆、普陀体育中心、江宁学校、曹杨二中、宜川中学等5所“国家级青少年体育俱乐部”，还帮助社会力量创办2所青少年体育俱乐部，成为上海拥有青少年体育俱乐部最多的区县之一。
